بقايا
حفرية من الإنسان المنتصب، والمعروف شعبيا باسم إنسان جاوة، تشير إلى أن كان يعيش في
الأرخبيل الإندونيسي منذ مليوني سنة إلى 500،000 سنة مضت. الإنسان العاقل (Homo
sapiens) وصل
المنطقة منذ نحو 45000 سنة مضت. الشعوب الأسترونيزية، والذين يشكلون غالبية السكان
الجدد، وصلوا من جنوب شرق آسيا من تايوان في حوالى 2000 قبل الميلاد، وانتشروا من خلال
الأرخبيل إلى المناطق التي كانت تقتصر على الشعوب الأصلية الميلانيزيية في مناطق الشرق
الأقصى. الظروف المثالية للزراعة، والسيطرة على زراعة الأرز في الحقول الرطبة في وقت
مبكر من القرن الثامن قبل الميلاد، سمح لظهور القرى والبلدات، فازدهرت الممالك الصغيرة
في القرن الأول قبل الميلاد، مما عزز موقف إندونيسيا البحري الإستراتيجي بين الجزر
وعزز تجارتها الدولية، بما في ذلك الروابط مع ممالك الهند والصين، التي أنشئت في فترة
عدة قرون قبل الميلاد. ومنذ ذلك الوقت، فقد ميزت التجارة إندونيسيا بشكل أساسي.
في القرن
السابع الميلادي، ازدهرت مملكة سريفيجايا كقوة بحرية نتيجة للتجارة ولتأثيرات الديانتين
الهندوسية والبوذية. بين القرنين الثامن والعشر الميلاديين، فإن سلالتي سيلندرا البوذية
ومملكة ماتارام الهندوسية الزراعيتين ازدهرتا ورفضت في جاوة الداخلية، وتركت معالم
دينية كبرى مثل بوروبودور التابع لسلالة سيندرا وبرامبانان التابع لمملكة ماتارام.
تأسست إمبراطورية ماجاباهيت الهندوسية في جاوة الشرقية في أواخر القرن الثالث عشر الميلادي،
وتحت حكم جاجاه مادا تمدد نفوذها على جزء كبير من إندونيسيا.
على
الرغم من أن التجار مسلمين وصلوا أول مرة إلى جنوب شرق آسيا في وقت مبكر من العصر الإسلامي،
وأقرب دليل على السكان المسلمين في إندونيسيا تعود إلى القرن الثالث عشر في شمال سومطرة.
انتشر الإسلام إلى المناطق الإندونيسية الأخرى تدريجيا، وكان الدين السائد في جاوة
وسومطرة بحلول نهاية القرن السادس عشر. وكانت النسبة الأكبر من الداخلين في الإسلام
لديهم عادات مختلطة متأثرة بالثقافة والدين، التي شكلت النموذج السائد للإسلام في إندونيسيا،
وخاصة في جاوة. أكن أول وصول للأوروبيين إلى إندونيسيا في عام 1512، عندما وصلت السفن
التجارية البرتغالية بقيادة فرانسيسكو سيراو وسعوا لاحتكار مصادر جوزة الطيب والقرنفل
والكبابة في جزر الملوك. بعد ذلك بدأ النزاع بين التجار الهولنديين والبريطانيين، في
1602 أنشأ الهولنديون شركة الهند الشرقية الهولندية (VOC) وأصبحت القوة الأوربية المهيمنة. بعد الإفلاس
في عام 1800، أنشأت حكومة هولندا مستعمرة جزر الهند الشرقية الهولندية المؤممة.


